知网查重论文代码重复的原因主要包括：1.研究者缺乏对文献的深入理解，导致直接复制粘贴他人代码；2.时间紧迫或能力不足，为了完成任务选择抄袭他人代码；3.对学术规范和道德缺乏认识，忽视了知识产权等。因此，研究者应加强学术诚信意识，注重自主思考和创新，杜绝论文代码重复现象的发生。

此外，知网查重系统的检测算法也是导致论文代码重复被发现的重要原因之一。该系统能够快速比对文本相似度，发现重复内容。因此，研究者在撰写论文时应当注意引用规范，注明出处，避免直接复制粘贴他人代码。同时，定期使用查重系统自查，及时发现和修改可能存在的问题，保证学术研究的独立性和原创性。